Agencija za forenzička ispitivanja i vještačenja osnovana je 2008. godine donošenjem Zakona o Direkciji za koordinaciju policijskih tijela i o agencijama za podršku policijskoj strukturi BiH (''Službeni glasnik BiH'', broj: 36/08), a kao rezultat druge faze reforme policije u BiH. Agencija je upravna organizacija u okviru Ministarstva sigurnosti Bosne i Hercegovine, sa operativnom samostalnošću, osnovana radi obavljanja poslova iz svoje nadležnosti, a počela je sa radom u februaru 2009. godine, imenovanjem direktora i zamjenika direktora Agencije.
U skladu sa članom 31. Zakona, još u julu 2009. godine, sačinjen je Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta u Agenciji za forenzička ispitivanja i vještačenja, na koji je Vijeće ministara BiH dalo svoju saglasnost u aprilu 2010. godine. Donošenje Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta u Agenciji, stvorilo je osnovne pretpostavke u pravcu planskog angažovanja visokostručnih kadrova u 2010. i 2011. godini, a u skladu sa predviđenom dinamikom zapošljavanja u skladu sa Akcionim planom Agencije, usvojenim od strane Vijeća ministara BiH u julu 2010. godine. Planski prijem kadrova, putem i prema standardima Agencije za državnu službu BiH, omogućio je i stvaranje uslova za realizovanje dodatne specijalističke obuke primljenih kadrova, nabavku i instaliranje visokosofisticirane i druge neophodne opreme, te stavljanje u funkciju laboratorija prema određenim planiranim prioritetima.
Odlukom Vijeća ministara BiH, na 95. Sjednici održanoj 23. јula 2009. godine, obezbjeđen je prostor za trajni smještaj Agencije u objektu u kome je smještena i Državna agencija za istrage i zaštitu.
Agencija je osnovana radi obavljanja poslova iz svoje nadležnosti, kao što su:
Agencija za forenzička ispitivanja i vještačenja obrađuje podatke i vodi evidencije iz svoje nadležnosti u skladu s važećim propisima.