Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta Agencije za forenzička ispitivanja i vještačenja donesen je u zakonskoj proceduri 2021. godine, prema kome se Agencija sastoji od Odjeljenja za podršku, osnovnih i unutrašnjih organizacionih jedinica.
Agencija ima tri osnovne organizacione jedinice – sektore: Sektor za biološka, DNK i hemijsko-fizička vještačenja; Sektor za kriminalističko-tehnička vještačenja; Sektor za pravne, finansijske i informatičke poslove.
Sektor za biološka, DNK i hemijsko-fizička vještačenja u svom sastavu ima dvije unutrašnje organizacione jedinice i to: Odsjek za biološka i DNK vještačenja i Odsjek za hemijsko – fizička vještačenja.
Sektor za kriminalističko-tehnička vještačenja u svom sastavu ima dvije unutrašnje organizacije i to: Odsjek za kriminalističko-tehnička vještačenja i Odsjek za vještačenja digitalnih dokaza.
Sektor za pravne, finansijske i informatičke poslove u svom stavu ima tri unutrašnje organizacije jedinice i to: Odsjek za za pravne, kadrovske i opšte poslove, Odsjek za finansijsko-materijalne poslove i upravljanje budžetom i Odsjek za informatičke poslove.
Za obavljanje poslova iz nadležnosti Agencije utvrđena su ukupno 52 izvršioca, od kojih 43 sa visokom stručnom spremom i znanjem različitih forenzičkih disciplina, te 9 sa srednjom stručnom spremom.